長崎奉行所立山役所跡で、その発掘遺構を利用して奉行所の建物を復元している。2005年（平成17年）11月に開館。長崎県と長崎市が行政の垣根を越え予算と収蔵品を出し合い設置した。歴史文化展示ゾーン、長崎奉行所ゾーン、長崎歴史情報コーナー、伝統工芸体験工房、資料閲覧室、ショップ・レストランがある。その他の施設として、企画展示室、イベントの間、イベント広場、ホールがある。
