1897年、キリシタン大名大村純忠ゆかりの大村藩蔵屋敷跡に建立された。今も蔵屋敷時代の土塀が残っている。原爆で外壁と尖塔を残して焼失したが、1951年に焼け残った部分をそのまま生かして再建された。鐘楼には1899年にフランスで製作され寄贈された4つのアンゼラスの鐘がある。原爆の熱で損傷を受けたが、現在も1つの鐘で時を告げている。聖堂の床面は檜板張りで土足禁止である。