1877年、札幌農学校構内に樹木園と灌木園が造られる。一方、開拓使は1882年に博物館を建設。1884年、植物園用地が博物館とともに札幌農学校に移管。初代園長となる宮部金吾が計画・設計し1886年に植物園が開園。 博物館本館(1882)、博物館鳥舎(1924)、博物館事務所(1900)、博物館便所(1884)、博物館倉庫(1884)、植物園門衛所(1911)の6棟が国重要文化財。バチェラー記念館(1898)、宮部金吾記念館(1901)の2棟が登録有形文化財。