ドナウ川がローマ帝国の北方国境線であったため、その流域はローマ化していたが、民族大移動の後、5世紀に東方から侵入したバヨヴァリ人の占拠するところとなったことから、バイエルンの地名が生じた。（そのバヨヴァリの名称はその先住地ボイエルラント＝ベーメンに由来する。）
6世紀にフランク王国に服し、その後その支配を脱した時もあったが、結局カール大帝の帝国の一部となった。この間、バイエルン人はキリスト教化し、東方に発展してオストマルクをつくった。
907年、リウトポルト家の辺境侯アルヌルフが公位を認証されたが、一時フランク王国から独立した。しかし、マジャール人と戦ってオストマルクを失い、まもなくオットー1世のもとに服した。
オストマルク辺境伯リウトポルト─┬─①アルヌルフ───②エーベルハルト │ (907-バイエルン公) │ └─③ベルトホルト───⑦ハインリヒ3世 (938-47) (983-85)
947年、オットーはその弟ハインリヒをバイエルン公（公としては1世）とし、彼のもとでバイエルンはオストマルクを回復した。（955年レヒフェルトの戦いでオットー1世がマジャール人を破る。）
976年、皇帝オットー2世は、バイエルン公ハインリヒ2世を廃位し、オストマルクを再建してバーベンベルク家レオポルトを辺境伯に任じた。バイエルン公位は、シュヴァーベン公オットー（皇帝オットー1世の孫,⑥976-82）、ついでリウトポルト家のハインリヒ3世（⑦983-85）に与えられた。
国王ハインリヒ１世─┬─皇帝オットー１世───皇帝オットー２世────⑥オットー（皇帝としては３世） │ (976-82) │＜バイエルン公＞ └─④ハインリヒ１世───ハインリヒ２世─────⑨ハインリヒ４世（皇帝としては２世） (947-55) (⑤955-76、⑧985-95)) (995-)
985年ハインリヒ2世がバイエルン公に復位し(-995)、その子ハインリヒ4世は、1002年に皇帝となった（皇帝としては2世,-1004）。その家の断絶後もしばらくは、代々の皇帝はバイエルン公領を自家の支配下においていた。
1070年、ヴェルフ家がバイエルン公となった。
ヴェルフ１世 (1070-77,1090-1101) ├───────────┐ ハインリヒ９世 ヴェルフ２世 ＜ザクセン公,皇帝＞ (1120-26) (1101-20) ロタール３世 ＜シュヴァーベン公＞ ├──────┐ │ フリードリヒ─┬─ゆーでぃっと ハインリヒ10世高慢公──┬───げるとるーと │ (1126-38) │ │ ハインリヒ12世獅子公 皇帝フリードリヒ１世 (1156-80、1142－ザクセン公)
ハインリヒ高慢公は、1137年にザクセン公も兼任したが翌年廃位させられた。その後バイエルン公位は、オーストリア家のレオポルト(1139-41)、ついでシュタウフェン家の皇帝コンラート３世(1141-43、皇帝としては1138-52)、再びオーストリア家のハインリヒ11世（レオポルトの弟,1143-56）と推移し、その後ハインリヒ獅子公が任ぜられた。（獅子公即位の1156年に、オストマルクがバイエルン公の支配から独立し公領に昇格している。）
獅子公が皇帝フリードリヒ１世と争って、1180年に所領を没収された後、バイエルン公位はヴィッテルスバッハ家に与えられた。以後20世紀まで同家はバイエルンを支配することとなるが、その最初の数世紀間は、国内の封建的割拠性が強く、また公家自身がインゴールシュタット，ミュンヘン（上バイエルン）、ランツフート，シュトラウビング（下バイエルン）などに分裂していた。しかしこの家は13世紀になってライン・プファルツをも相続し、14世紀には皇帝ルートヴィヒ４世を出している。
バイエルンは、16世紀に入って再び統一される。ハプスブルク家皇帝の強大化に対抗したヴィルヘルム４世(1508-50)は、宗教改革がおこると新教に対抗するため皇帝と結び、以後バイエルンは代々カトリック側の代表として新教と戦った。ことにマクシミリアン１世(1597-1651)は旧教同盟Ligaの提唱者として名高い。そして三十年戦争の結果、バイエルンは選帝侯の地位を獲得しオーストリアにつぐ大国となった。
しかしスペイン継承戦争に際してはマクシミリアン２世(1679-1726)はスペイン領ネーデルラント総督に任ぜられたのを機とし、この地を領有しようとしてフランスと結んでハプスブルク家に反旗を翻し、かえって損失を招いた。さらにオーストリア継承戦争をおこしたカール・アルプレヒト(1726-45)は、一時神聖ローマ皇帝位を得る(1742)が、中途にして没し、結局帝位継承権は放棄した。この戦争によりバイエルンの国土は荒れドイツ内におけるその地位は低下した。
1777年、旧家系が断絶し、同じヴィッテルスバッハ一族のライン・プファルツ選帝侯カール・テオドールが跡を継ぐと、彼はバイエルンに執着せず、オーストリアがバイエルンに侵入するのを許し、またバイエルンとスペイン領ネーデルラントを交換しようという皇帝ヨーゼフ２世の提議に応じた。しかしこれは同じヴィッテルスバッハ家系のツヴァイブリュッケン侯の反対にあい、プロイセン王フリードリヒ２世の干渉をうけ、バイエルン継承戦争(1778-79)となった。結果、バイエルンは旧状のままとどまることとなったが、国内では僧侶の支配が強く自由主義運動は抑圧された。
フランス革命に際しては、ライン・プファルツはフランスに占領され、バイエルンも1796年以降その侵入を受けた。1801年、リュネヴィル条約でプファルツを放棄したが、1803年の帝国代表者会議で多くの教会領・都市その他の諸領地を併呑した。1805年のフランス・オーストリアの戦いではフランスに味方し、その結果ティロルなどのオーストリア領、ザルツブルク、トリエントなどの教会領を併合し、翌06年には王国に昇格してライン同盟に加入した。
このようにしてバイエルンはナポレオン支配下でもっとも利益を得たが、1813年には反ナポレオン同盟に加わったため、ウィーン会議ではティロル・ザルツブルクなどを失った他は旧領を維持できた。こうしてバイエルン王国はドイツ連邦内でオーストリア・プロイセンにつぐ第３の大国となったばかりでなく、しばしば中小諸国を率いて第３勢力として重要な地位をしめた。
しかし国内の発展は遅れ、憲法は1818年に発布されたがカトリックの勢力が強く、もっとも保守的な国家として、重要な学者・文人をほとんど輩出しなかった。
しかも国王に暗愚な人物が多く、ルートヴィヒ１世(1825-48)はアイルランド生まれの踊り子ローラ・モンテスを寵愛して国政を乱し、ミュンヘン大学の閉鎖により国民との紛争を招き、革命がおこり退位した。マクシミリアン２世(1848-64)、ルートヴィヒ２世(1864-86)は、プロイセンとオーストリアの争いに際してオーストリア側につき普墺戦争に敗れた。
ルートヴィヒ２世は、作曲家ヴァーグナーのパトロンとして有名。ノイシュウヴァンシュタイン城を建築。
プロイセン首相ビスマルクはフランス・ナポレオン３世との戦いに備えてバイエルンに寛大な態度をとりこれと同盟を結んだ。1870年の普仏戦争ではバイエルンはプロイセンとともに戦い、1871年1月18日ヴェルサイユ宮殿で、バイエルン王ルートヴィヒ２世はプロイセン王ヴィルヘルム１世にドイツ帝冠を捧げる役をつとめた。ドイツ帝国内でバイエルンは王国として例外的な特権を所有した。しかしルートヴィヒ２世は発狂したのち溺死、その子オットーも狂人であったため、叔父ルイトポルト，およびその子ルートヴィヒが摂政をつとめ、オットーの死後1913年にルートヴィヒが即位し、最後の国王ルートヴィヒ３世となった。
＜バイエルン公＞ オットー１世(1180-83、ヴィッテルスバッハ伯オットー６世) │ ルートヴィヒ１世(1183-1231) │ オットー２世(1231-53,1214プファルツ伯を継承) │ ├────────────────────────────┐ ＜下バイエルン系＞ ＜上バイエルン系＞ ハインリヒ１３世 ルートヴィヒ２世 (1253-90) (1253-94,上バイエルン＆プファルツ領) ├───────┬─────────┐ ├─────────┐ ルートヴィヒ３世 シュテファン１世 オットー３世 ルートヴィヒ４世 ルドルフ１世 (1290-96) (1290-1309) (1290-1312) (1294-1347,1314-皇帝) (1294-1317) ┌───────┤ │ │ ┌───┴───┬──────┐ オットー４世 ハインリヒ１４世 ハインリヒ１５世 │ ルドルフ２世 ○ ルプレヒト１世 (1309-34) (1309-39) (1312-33) │ ＜プファルツ選帝侯＞ │ │ │ ルプレヒト２世 ヨハン１世 │ │ (1339-40) │ ルプレヒト３世 │ ┌────────┬────────┬──────────┤ ルートヴィヒ６世 オットー５世 ルートヴィヒ５世 シュテファン２世 (上,1347-51) (上,1347-51) (上,1347-61) (下ラ,1347-75,63-上) (下ラ,1376-79) │ │ マインハルト │ (上,1361-63) │ ┌──────────┬─────────────────┤ フリードリヒ シュテファン３世 ヨハン２世 (下ラ,1375-93) (上イ,1375-1413) (上ミ,1375-97) │ │ ┌───────┤ ハインリヒ１６世 ルートヴィヒ７世 ヴィルヘルム３世 エルンスト (1393-1450,1447上イ) (1413-43) (1397-1435) (1397-1438) │ │ │ ルートヴィヒ９世 ルートヴィヒ８世 アルプレヒト３世 (1450-79) (1443-45) (1438-60) │ →下ラ │ ゲオルク │ (1479-1503) ┌───────────────┬──┴──────┐ →上バ ＜バイエルン公＞ ジギズムント ヨハン４世 アルプレヒト４世賢明王 (1460-67) (1460-63) (1465-1508,1504バイエルン統一) ├────────┐ ヴィルヘルム４世 ルートヴィヒ１０世 (1508-50) (1516-45) │ アルプレヒト５世(1550-79) │ ヴィルヘルム５世(1579-97) │ ＜バイエルン選帝侯＞ マクシミリアン１世(1597-,1623選帝侯-51) │ フェルディナント・マリア(1651-79) │ マクシミリアン２世エマヌエル(1679-1726) │ カール・アルプレヒト(1726-45,皇帝1742-45) │ マクシミリアン３世ヨゼフ(1745-77) ＜ズルツバッハ公＞ カール４世テオドール(1777-99, ルプレヒト３世から11代目,1742-プファルツ選帝侯、プファルツをバイエルンに併合) ＜ツヴァイブリュッケン系＞ 選帝侯マクシミリアン４世ヨゼフ(1799-) ＝バイエルン王マクシミリアン１世(1806-25) │ ルートヴィヒ１世(1825-48) ├──────────────────┐ マクシミリアン２世 ルイトポルト (1848-64) (摂政,1886-1912) ├────────┐ │ ルートヴィヒ２世 オットー ルートヴィヒ３世 (1864-86自殺) (1886-1913廃位) (1912-摂政,1913王-1918,共和制)